El Instituto Paraguayo de Indígena (INDI), es una entidad autárquica con personería jurídica y patrimonio propio, cuyas relaciones con el Poder Ejecutivo deberán ser mantenidas por conducto del Ministerio de Educación y Cultura pero con autonomía para establecer vínculos directos con otros Poderes del Estado o dependencias del Gobierno Nacional. Si bien el INDI deberá tener su domicilio legal en Asunción podrá igualmente contar con oficinas regionales. Actualmente sólo cuenta con oficinas en Asunción.
 

El marco normativo del INDI está constituido por un conjunto de normativas que regulan su funcionamiento. Estos son:

Capítulo V de la Constitución Nacional de la República del Paraguay (arts. 62-67).
Ley Nº 904/81 “Estatuto de las Comunidades Indígenas” modificada en varios artículos por la Ley Nº 919/96
Ley Nº 234/93 que ratifica el convenio 169 de la O.I.T. sobre "Pueblos Indígenas y Tribales en Países independientes
Ley Nº 2199/03 “Que dispone la reorganización de los Órganos Colegiados Encargados de la Dirección de Empresas y Entidades del Estado Paraguayo”, Art. 11, que modifica varios artículos de la Ley 904/81.
Declaración de las Naciones Unidas sobre los derechos de los pueblos indígenas
Decreto Nº 1039/18 "Por el cual se aprueba el Protocolo para el Proceso de Consulta y Consentimiento Libre, Previo e Informado con los pueblos Indigenas que habitan el Paraguay
Decreto Nº 8545/06 "Por el cual se crea el Registro de Liderazgo y Personeria juridica, de Inmuebles Organizaciones Indigenas e Indigenistas,Dependiente del Instituto Paraguayo del Indigena (INDI)".
Ley Nº 5469/15 "DE la Salud de los Pueblos Indigenas".
PROTOCOLO DE INGRESO A LAS COMUNIDADES INDÍGENAS DEL PAÍS, aprobado por el Instituto Paraguayo del Indígena, por Resolución P/N° 171 de fecha 23 de abril de 2020, para evitar el contagio y expansión del coronavirus - COVID19. En el marco del Art. 4° del Decreto N° 3456/20